Il DeFENS nasce dalla fusione di tre Dipartimenti dell'Università degli Studi di Milano: il DIPSA (Dipartimento di Protezione dei Sistemi Agroalimentari e Urbano e Valorizzazione delle Biodiversità), il DISMA (Dipartimento di Scienze Molecolari Agroalimentari) e il DISTAM (Dipartimento di Scienze e Tecnologie Alimentari e Microbiologiche).

L'intento perseguito con la fusione delle suddette strutture era quello di dare continuità alla ricerca e alla didattica attraverso una sinergia profonda tra i tre Dipartimenti e le loro singole esperienze, sviluppando in modo armonico e interdisciplinare tutte le attività di ricerca e di didattica svolte nel settore delle scienze alimentari e agro-ambientali.